O atual Instituto de Química da Universidade do Estado do Rio de Janeiro tem origem no curso de Química da antiga Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras do Instituto La-Fayette, fundado pelo Professor La-Fayette Côrtes em 11 de agosto de 1939 e que funcionava na Rua Haddock Lobo, no 253, 267 e 269. A autorização para funcionamento foi dada pelo decreto presidencial no 7173, de 13/05/1941, reconhecido pelo decreto 17259/44, de 28/12/1944 e credenciado pela lei estadual 93 de 15/12/1961.

A Universidade do Estado do Rio de Janeiro – UERJ foi fundada em 4/12/1950 através da Lei 547/50, com o nome de Universidade do Distrito Federal – UDF, a partir da união das chamadas quatro escolas fundadoras: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras; Faculdade de Ciências Jurídicas do Catete; Faculdade de Ciências Médicas e Faculdade de Ciências Econômicas.

As atividades do Instituto de Química foram alocadas a partir de agosto de 1957 para o prédio da Rua do Bispo, 334. Com a mudança da capital federal para Brasília, a Universidade que havia sido do Distrito Federal (UDF -1950) e do Rio de Janeiro (URJ -1959) passa a ser a Universidade do Estado da Guanabara (UEG-1960).

Em 1966 foram criados os Institutos básicos da Universidade, entre eles o Instituto Básico de Química, com a sala da direção situada no prédio da Rua Haddock Lobo, 269. Em 25/09/71 as atividades do Instituto, que tinham lugar nos prédios da Rua Haddock Lobo e da Rua do Bispo foram transferidas para o 3o andar do Pavilhão Reitor Haroldo Lisboa da Cunha no campus do Maracanã. A Universidade passou a se denominar Universidade do Estado do Rio de Janeiro – UERJ em 1975 após a fusão dos Estados da Guanabara e do Rio de Janeiro.

Hoje o Instituto de Química oferece em nível de graduação os cursos de Licenciatura em Química e Engenharia Química. Já no âmbito da pós-graduação stricto sensu oferece as opções de Mestrado e Doutorado nas áreas de Engenharia Química e Química.